Hay un proyecto que aun se encuentra en fase beta, sin embargo es completamente funcional, todos sabemos que a la hora de generar un certificado SSL hay entes que cobran una suma considerable para controlar que estos certificados sean validos.
Dejo a continuacion el link en ingles, para descargar el cliente y todas las instrucciones para ejecutarlo y crear el certificado SSL totalmente gratis.
ref: letsencrypt